De eerste prototypes van een compleet nieuw model werden ontwikkeld in 1956, en werden in 1964 aan het publiek gepresenteerd als de Škoda 1000 MB. Voor de produktie van de 1000 MB werd in Mlada Boleslav, naast de oude fabriek, een geheel nieuwe produktie locatie gebouwd.
De nieuwe Škoda had een watergekoelde vier-cilinder motor met een inhoud van 988 cc en een vermogen van 45 pk. De motor lag achterin de auto.
De Škoda 1000 MBG sedan en de tweedeurs Škoda 1000 MBX (met twee carburateurs en 49 pk) waren varianten van het basismodel.
De “embees” werden continu verbeterd; in 1967 werden de Škoda 1100 MB en 1100 MBX met een 1107 cc motor toegevoegd aan het modellen gamma.