Er kwamen nieuwe carrosserievormen van de Fabia, de Fabia Combi werd in 2000 geïntroduceerd, de Fabia Sedan in 2001.
In 2001 breidde Škoda het produktengamma uit met een derde model. De produktie van het grootste model, de luxe Superb, werd gestart in Kvasiny.
In 2004 werd de Octavia opgevolgd, deze is in Hatchback en Combi uitvoering beschikbaar en tevens leverbaar in 4x4 aandrijving. De Octavia Combi werd in 2005 geïntroduceerd. De Octavia heeft meerdere internationale prijzen gewonnen, waaronder de titel Auto van het Jaar in verscheidene Europese landen.